1992年《中醫(yī)雜志》獲中國科協(xié)科技期刊一等獎(jiǎng)，國家科委、中宣部、新聞出版署科技期刊三等獎(jiǎng)，北京新聞出版局、北京市科技期刊協(xié)會辦刊條件獎(jiǎng)、編輯質(zhì)量獎(jiǎng)、辦刊效益獎(jiǎng)。1995年獲首屆全國中醫(yī)藥優(yōu)秀期刊一等獎(jiǎng)。1997年獲中國科協(xié)優(yōu)秀科技期刊一等獎(jiǎng)。1999年獲第二屆全國中醫(yī)藥優(yōu)秀期刊一等獎(jiǎng)。2000年獲首屆中國期刊獎(jiǎng)。2001年獲國家雙獎(jiǎng)期刊獎(jiǎng)。在2001年中國期刊展中入選國家期刊方陣被特別展示。2007年獲第三屆全國中醫(yī)藥優(yōu)秀期刊一等獎(jiǎng)。2008年開始多年被評為中國精品科技期刊。2009年被中國期刊協(xié)會評為新中國60年有影響力的期刊。2010年、2014年和2017年《中醫(yī)雜志》連續(xù)榮獲第二、三、四屆中國出版政府獎(jiǎng)期刊提名獎(jiǎng)。2011年12月中醫(yī)雜志社榮獲新聞出版總署新聞出版“走出去”先進(jìn)單位稱號。2012年獲第四屆全國中醫(yī)藥優(yōu)秀期刊一等獎(jiǎng)。2012年和2014年被評為百種中國杰出學(xué)術(shù)期刊。2013年《中醫(yī)雜志》被評為中國百強(qiáng)科技期刊。2021年7月《中醫(yī)雜志》榮獲第五屆中國出版政府獎(jiǎng)期刊獎(jiǎng)，成為獲得此榮譽(yù)的20種期刊之一。