本刊學科影響指標、影響因子以及學科排序在全國同類期刊中位居前列，并全面進入國內權威的核心期刊評價系統，是中國中文核心期刊、中國科技核心期刊(中國科技論文統計源期刊)、中國科學引文數據庫來源期刊(CSCD)及RCCSE中國核心學術期刊，被WHO西太平洋地區醫學索引(WPRIM)收錄，還是美國《化學文摘》(CA)收錄期刊。

　　榮獲2000年第二屆全國中醫藥優秀期刊獎及首屆中國學術期刊(光盤版)檢索與評價數據規范優秀獎，2007年“以嶺杯”第三屆全國優秀中醫藥期刊獎，2008被評為中國精品科技期刊，2010年榮獲“第四屆廣東省優秀期刊”三等獎，2011年被評為“廣東省優秀科技期刊一等獎”，2012年獲得第四屆中國高校優秀科技期刊獎，2014年再次被評為中國精品科技期刊、中國精品科技期刊頂尖學術論文(F5000)來源期刊，2015年榮獲第五屆廣東省精品科技期刊榮譽稱號，榮獲2018年度中國高校優秀科技期刊;2019年入選中華中醫藥學會2019年度T2級優秀中醫藥科技期刊目錄;2020年入編《中文核心期刊要目總覽》2020年版(即第9版)中國醫學類的核心期刊，收錄為“中國科技核心期刊”(中國科技論文統計源期刊)，2020年度中國高校百佳科技期刊，2020年度中華中醫藥學會編校質量優秀期刊，2021年榮獲第七屆廣東省優秀科技期刊榮譽稱號，2022年度中國高校科技期刊建設示范案例庫_百佳科技期刊、收錄為“中國科技核心期刊”(中國科技論文統計源期刊)，2023年《中藥新藥與臨床藥理》繼續入選中國科學引文數據庫(CSCD，核心刊)來源期刊(2023-2024年)、《中文核心期刊要目總覽》2023年版入編通知、繼續入選中國科技核心期刊(中國科技論文統計源期刊)、繼續入選科技期刊世界影響力指數(WJCI)報告(2023)收錄期刊、繼續入選“中華中醫藥學會T2級優秀中醫藥科技期刊目錄”，2024年度榮獲第八屆廣東省精品科技期刊榮譽稱號、中國高校科技期刊建設示范案例庫•百佳科技期刊、中國科技核心期刊(中國科技論文統計源期刊)收錄證書、科技期刊世界影響力指數(WJCI)報告(2024)收錄證書等。