本刊于1979年創刊，由國家水利部主管，南京水利科學研究院主辦，是以涉水工程等為論述主題，面向國內外水利水電、水運交通、海洋和土木工程、水文水資源和水環境等領域的學術性科技期刊。本刊被《中文核心期刊要目總覽》一直確認為核心期刊，并被收錄為國家科技部“中國科技論文統計源期刊”(中國科技核心期刊);本刊已加入《中國學術期刊(光盤版)》(中國知網)等中文科技期刊數據庫(全文版)。本刊被美國《劍橋科學文摘(自然科學)》(CSA(Natural Science)、《烏利希期刊指南》等國外多家重要檢索系統收錄并列為來源期刊。多年來，本刊作為南京水科院對外交流的重要學術期刊，先后與國(境)外近50家研究機構和高等院校建立了長期資料交流關系。幾十年來，本刊始終作為我國水利學科類的重要期刊，一直受到國內外同行專家學者的高度關注。

　　《水利水運工程學報》主要反映國內外在水利水電、水運、海洋和土木工程、水文水資源、水環境等領域中科學技術的最新成果、前沿動態、重要進展和發展趨勢;報道關于重大涉水工程的規劃、可行性研究、設計、科研、施工、監理以及管理工作中的新理論、新概念、新技術、新方法和新材料等;本刊內容涉及的學科和研究方向主要有：水工水力學、樞紐及環境水力學、高壩通航水力學、滲流水力學、核技術應用、泥沙運動基本理論、河流、河口海岸動力學、港口和近海工程、巖土力學基本理論、高土石壩筑壩技術、土與結構物相互作用、地基處理與加固、地質/地震災害成因分析及防止、水工結構耐久性、水工建筑物病害評估和修復技術、高性能水工新材料、生態性環境友好材料與廢渣綜合利用、水文學理論與方法、防洪抗旱與減災、水資源可持續利用、水資源配置與管理、水環境與水生態、大壩安全與管理、大壩病險機理安全診斷與風險評估等。