1、2017、2020年連續入選北京大學《中文核心期刊要目總覽》第8版和第9版。

　　2、2007年學報首次躋身“中國科技核心期刊”之列，至今連續入圍“中國科技核心期刊”。

　　3、2006、2008年，本刊榮獲教育部科學技術司、中國高校科技期刊研究會首屆、第2屆“中國高校科技期刊特色獎”;2010、2012、2014、2018、2020、2022年，本刊連續榮獲“中國高校科技期刊優秀獎”稱號。

　　4、2008年2月獲2006-2007年新疆優秀科技期刊二等獎。

　　5、2005年8月獲2004-2005年新疆優秀科技期刊三等獎暨二級期刊。

　　6、2003年12月獲2002-2003年新疆優秀科技期刊獎暨二級期刊。

　　7、1999年10月獲第四屆新疆優秀科技期刊三等獎。

　　8、1996年6月獲第三屆新疆優秀科技期刊綜合效益獎。

　　9、1992年11月4日，中國高等院校自然科學學報研究會CUJA委員會向石河子農學院學報頒發紀念CUJA創建10周年綜合數據三等獎榮譽證書。